Между Православной Церковью Чешских земель и Словакии с самого начала ее зарождения и Русской Церковью существовали дружеские, фактически родственные отношения. Их объединяли не только участие русского духовенства в создании Чехословацкой Церкви, но и общность истории, части храмов и паствы. Почти весь XX век Чехословацкая Церковь имела наиболее тесные связи с Русским Православием, сначала с Российской Православной Церковью, затем с многочисленной русской церковной эмиграцией на территории страны, и, наконец, с Московским Патриархатом. В настоящее время эти связи продолжают развиваться.
Православие на чешских землях имеет тысячелетнюю историю, но в период их пребывания в составе Австрийской (Австро-Венгерской) империи оно почти полностью исчезло. В 1910 г. в Чехии насчитывалось лишь 1063 православных, в основном входивших в русские общины (первая из них возникла в Праге еще в 1871 г.). Помимо пражского прихода на нынешней территории Чехии до Первой мировой войны были образованы русские общины и построены каменные храмы в трех, пользовавшихся большой популярностью у российской знати, курортных городах: Карловых Варах (Карлсбаде), Франтишковых Лазнях (Франценсбаде) и Марианских Лазнях (Мариенбаде).
В начале XX столетия произошло национальное пробуждение восточнославянского, близкого к украинцам и русским, народа русины (карпатороссы), проживавшего в Подкарпатской Руси (Закарпатской Украине) и восточной части Словакии. Этот процесс сопровождался переходом греко-католиков (униатов) в Православие. В его возрождении активно принимали участие сначала Российская Церковь, а в 1920-е гг. русские эмигранты.
После образования в 1918 г. независимой Чехословакии около полумиллиона человек покинули Католическую Церковь и 8 января 1920 г. основали Национальную Чехословацкую Церковь. Один из ее руководителей – бывший католический священник Матфей (Матей) Павлик после принятия монашеского пострига с именем Горазд был хиротонисан в Белграде 25 сентября 1921 г. Сербским Патриархом Димитрием во епископа Чешско-Моравского. Однако вскоре в Национальной Чехословацкой Церкви победило либерально-радикальное (реформистское) течение, и епископ Горазд 21 июля 1924 г. покинул ее; вместе с ним ушли около 10 тыс. человек. В развитии Православия в стране значительную роль сыграли русские эмигранты.
В начале 1920-х гг. Чехословакия стала одним из основных центров российской эмиграции, в том числе церковной. Именно в Праге в ноябре 1919 г. возникла первая студенческая эмигрантская организация – «Союз русских студентов в Чехословакии». Правительство охотно принимало беженцев из России, развернув для них широкую программу помощи под названием «Русская акция». Именно Прага наряду с Парижем стала важнейшим центром Русского христианского студенческого движения (РСХД). Возникшие в Чехословакии русские православные общины (кроме монастыря прп. Иова в Словакии) подчинялись управляющему русскими приходами в странах Западной Европы митрополиту Евлогию (Георгиевскому), до 1930 г. состоявшему в юрисдикции Московского Патриархата, а в 1931 г. перешедшему в Константинопольскую Церковь. Непосредственно эти общины окормлял епископ Бельский Сергий (Королев).
В первой половине 1920-х гг. в Чехословакии были созданы две церковные юрисдикции, к которым принадлежали православные чехи – Сербской и Константинопольской Церквей. После заключения в 1924 г. правительствами Чехословакии и Югославии договора, решившего вопрос в пользу юрисдикции Сербского Патриархата, почти вся православная паства перешла под омофор епископа Горазда.
В 1929 г. епископ Горазд завершил организацию своей епархии, добившись признания 6 июня чехословацким правительством Православной Церкви в Чехии и Моравии в качестве юридической организации с утверждением ее устава. 22 сентября 1929 г. на очередном собрании Чешской религиозной православной общины, ставшем первым епархиальным собранием, было объявлено о создании Чешской православной епархии и выбраны ее руководящие органы. Согласно переписи 1930 г. в Чехословакии уже насчитывалось 145, 5 тысяч православных. В конце 1920-х гг. в Закарпатье и Словакии была создана Мукачевско-Пряшевская епархия Сербской Церкви. Однако в 1939 г. при разделе этих земель подавляющая часть епархии временно отошла к Венгрии. Возглавлявший епархию епископ Владимир (Раич) был отстранен от управления и 19 июля 1941 г. выслан в Сербию.